Korzystanie z urządzenia BEMER jest bezwzględnie przeciwwskazane osobom przy terapii immunosupresyjnej i po allotransplantacji lub przeszczepie szpiku kostnego lub komórek macierzystych. Także wszystkie aktywne implanty medyczne przeznaczone do dozowania leków (pompy leków) oraz onkologiczne leczenie systemowe (radioterapia i chemioterapia) są przeciwwskazaniami do stosowania terapii BEMER.
Natomiast choroby nowotworowe oraz aktywne implanty medyczne, które odpowiadają za stymulację (np. rozruszniki serca, defibrylatory, stymulatory mózgu, stymulatory mięśni) wymagają konsultacji z lekarzem prowadzącym co do stosowania terapii.W ocenie ryzyka lekarz specjalista musi ocenić w oparciu o indywidualne nastawy wartości progowych implantu i uwzględniając odległość między cewką aplikatora a elektrodami implantu, czy terapia BEMER może spowodować zakłócenia przy maksymalnej gęstości przepływu wynoszącej dla terapii punktowej B.SPOT 150 µT (średnia gęstość przepływu podczas leczenia całego ciała za pomocą B.BODY to 21 µT). Jeśli zgodnie z oceną lekarza specjalisty nie można wykluczyć pogorszenia działania, a tym samym zapewnić bezpieczeństwo eksploatacji wszczepionego implantu, nie należy stosować leczenia za pomocą terapii BEMER.
Zachowanie ostrożności i konieczność konsultacji dotyczy również kobiet w ciąży.